Varios estudios indican la importancia de la microbiota del colon en los trastornos metabólicos e inflamatorios y la importancia de la dieta sobre la composición de la microbiota. Los efectos del alcohol, uno de los componentes importantes de la dieta, sobre la composición bacteriana del colon es prácticamente desconocida. La evidencia creciente sugiere que las endotoxinas bacterianas liberadas en el intestino actuan sobre las lesiones que produce el alcohol en los tejidos. El estado de inflamación intestinal en los alcohólicos junto con la liberación de las endotoxinas, contribuye al cambio en la flora intestinal.
En un estudio realizado por investigadores de la universidad de Rush recientemente publicado, se realizaron biopsias de la pared del colon y estudios de la flora intestinal en 48 alcohólicos y 18 sujetos sanos. Un sub-grupo de alcohólicos mostró una alteración de la flora del colon (disbiosis). Los alcohólicos con disbiosis tenían menor cantidad de bacterias del género Bacteroidetes y mayor cantidad de Proteobacteria. Las alteraciones observadas parecen estar en correlación con altos niveles de endotoxinas en sangre. Esta alteración persiste y se ve, incluso después de un largo período de sobriedad.